如果準備采用顯微鏡檢測，應當考慮將樣品分成幾份。如果只 有少量的樣品可用，最好首先進行顯微鏡檢測，再用于化學分析。 多數情況下，用于全參數和不溶組分分析的干燥化石，應保存在干 燥、最好是隔絕空氣的小玻璃瓶或者廣口瓶中。置于隔熱、黑暗的 環(huán)境中可將氧化作用降低到最小限度。最好能用惰性氣體如氮氣取 代樣品周圍的空氣。再者，干燥樣品可真空封存并儲藏在冰箱中。
對于含有一定量硫和／或黃鐵礦的小型樣品，應儲存在有機溶劑中 如甲醇、丙酮或者二氯甲烷，并置于冰箱中冷藏以減緩氧化反應， 至少也得將化石保存在如水、甘油等液體中。用于水分和／或可溶 組分溶液分析的化石，應當直接保存在冰箱中以減小化學降解影響 。被真菌和／或藻類污染的問題，可通過使用諸如百里酚的殺菌劑 解決。雖然百里酚可以通過溶劑萃取去除，但它通常浸潤整個化石 而最終影響化學分析結果。而且，某些殺菌劑在樣品干燥時在樣品 表面的晶析會影響顯微鏡觀測。
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