子囊菌使用體視顯微鏡即可觀察外觀
大部分的子囊菌不需經(jīng)過(guò)切片，僅藉由具子囊、子囊孢子之形態(tài)即可鑒定，
審慎的以體視解剖顯微鏡觀察子囊果之外部形態(tài)也是不可或缺的，耐心的做好清晰可
辨分類特征的玻片，加上懂得如何收集文獻(xiàn)，必能解決你所遇到病原子囊菌之鑒定問(wèn)題
盤菌綱依子囊之形態(tài)區(qū)分為三大類，一、具囊蓋(operculate)子囊：頂端具有蓋
子之開口﹔二、不具囊蓋(inoperculate)子囊：具孔狀開口或不規(guī)則開裂﹔三、喙
狀開裂(rostrate dehiscence)子囊：孢子釋放時(shí)外層壁開裂，而內(nèi)層壁之上端部分
擠壓出來(lái)。第三類之菌都屬于地衣(lichen)，其特性明確，故不在此另加敘述。
具囊蓋子囊常伴隨有其他特征，如子囊為長(zhǎng)圓柱形(少數(shù)倒卵形)，頂端顯著截平
(truncate)，子囊孢子圓或橢圓形，且上下左右對(duì)稱，單細(xì)胞而通常表面具有紋飾﹔
而不具囊蓋子囊伴隨的特征有：子囊孢子對(duì)稱或不對(duì)稱，大小相對(duì)的較前者小，
單至多細(xì)胞，表面平滑。僅Pezizales 目具囊蓋子囊，且已知僅有Rhizina 屬造成
植物病害﹔其馀的非地衣之盤菌皆屬不具囊蓋子囊之種類。除子囊形態(tài)外，其他
重要之分類特征包括有
(1)子囊盤之形狀及其外壁之細(xì)胞組成。
(2)以碘液染子囊，在不同部位所呈現(xiàn)出之藍(lán)色反應(yīng)。
(3)隔絲頂端：有無(wú)分叉、有無(wú)淀粉反應(yīng)是否黏著在膠質(zhì)中或相互糾結(jié)形成組織。
(4)菌絲是否有膠質(zhì)成分。
(5)子囊孢子之大小、顏色、形狀、質(zhì)地、有無(wú)內(nèi)含之油滴或氣泡、有無(wú)外套膜
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